Ak sa spaľovne odpadu dlhší čas nepoužívajú, mali by sa skladovať v suchom, dobre vetranom prostredí, aby sa zabránilo korózii a hrdzi spôsobenej vlhkosťou, dažďom alebo vysokou vlhkosťou. Miesto skladovania by malo byť ploché, pevné a mimo dosahu horľavých, výbušných alebo korozívnych látok, aby bola zaistená bezpečnosť. Treba sa tiež vyhnúť dlhodobému priamemu slnečnému žiareniu, aby sa zabránilo starnutiu krytu zariadenia a gumových tesnení.
Pred uskladnením je potrebné zariadenie dôkladne vyčistiť, aby sa odstránil popol, odpadová voda a nečistoty z pece, systému na odstraňovanie popola a výfukového potrubia. Kľúčové kovové komponenty, najmä plášť spaľovacej komory, ložiská ventilátora a výfukové potrubie, môžu byť natreté antikoróznym olejom alebo antikoróznym náterom. Pri dlhodobom skladovaní zariadenia je možné ho zakryť plastovou fóliou alebo protiprachovým krytom, aby sa do zariadenia nedostal prach a nečistoty.
Počas skladovania je potrebné zariadenie pravidelne kontrolovať, ideálne každé 1–3 mesiace. Skontrolujte integritu tesnení, ventilov, ventilátorov a elektrických riadiacich systémov; okamžite odstráňte hrdzu alebo uvoľnenie. Zľahka namažte kľúčové rotujúce časti, aby ste predišli zaseknutiu alebo poškodeniu v dôsledku dlhšej nečinnosti. Zaznamenajte si výsledky kontroly, aby ste sa uistili, že zariadenie je pred opätovným použitím v dobrom stave.