Princípom fungovania zariadení na spracovanie medicínskeho odpadu je predovšetkým úplná likvidácia patogénnych mikroorganizmov a škodlivých látok v odpade fyzikálnymi, chemickými alebo tepelnými prostriedkami, čím sa zabezpečí bezpečnosť a nezávadnosť odpadu. Zariadenie najskôr zhromažďuje medicínsky odpad do ošetrovacej komory prostredníctvom uzavretého dopravníkového systému, aby sa zabránilo úniku alebo kontaminácii počas prepravy.
Počas procesu úpravy používajú rôzne typy zariadení rôzne technológie. Vysokoteplotné spaľovacie zariadenia využívajú vysoké teploty vznikajúce spaľovaním na úplnú oxidáciu odpadu, čím sa ničia škodlivé zložky; parná sterilizácia alebo vysokotlaková parná dezinfekcia zariadenia používa vysokoteplotnú, vysokotlakovú paru na ničenie baktérií, vírusov a iných mikroorganizmov v odpade; mikrovlnné zariadenia alebo zariadenia na chemickú dezinfekciu využívajú mikrovlnný ohrev alebo chemické reakcie, aby sa odpad stal neinfekčným.
Po spracovaní odpad zvyčajne prechádza sekundárnymi krokmi spracovania, ako je chladenie, drvenie alebo tuhnutie, aby sa zaistila jeho bezpečnosť a spoľahlivosť počas prepravy a konečnej likvidácie. Celý proces je monitorovaný automatizovaným riadiacim systémom, ktorý monitoruje teplotu, tlak a prevádzkový stav. V prípade akýchkoľvek abnormalít môže zariadenie automaticky nastaviť alebo zastaviť prevádzku, čím sa zabezpečí bezpečnosť operátora a hygiena prostredia.